não é facil... (se é que eu percebi bem o que querias...)
Acho que desenvolveres um sistema por ti mesmo deve estar fora de questão, não é nada simples, o melhor que tens a fazer procurar plataformas de pagamento automático, mas nestes casos o barato sai caro... tem cuidado a escolher, tem de oferecer segurança.
normalmente sistemas destes exigem informação encriptada, ligação browser-servidor por SSL através de certificados digitais (por exemplo os da Verisign).
Preenche-se um formulário (sempre encriptado como disse anteriormente) onde se coloca o numero de cartão o codigo de verificação (CVV2) e a data de validade... depois ha empresas tipo REDUNICRE.pt que tratam esses dados com o Verified By Visa e Secure Code para cartões Visa e EuroCards/Mastercards respectivamente.
pesquisa por 3D Secure da REDUNICRE...
cumprimentos